1064’de Selçuklu Sultanı Alparslan şehri almıştır. 1071 Malazgirt savaşı öncesi Alparslan’ın Cuma namazını bu camiide kılıp, Anadolu’yu fethetmeye başladığı söylenir. Ebul Manucehr, Anadolu’da inşaa edilen ilk camii’dir.
2012 yılında UNESCO Dünya Mirası geçici listesine alınan Ani Tarihi Kenti, 2016 yılında UNESCO Dünya Miras Listesine alınmıştır.
Ani tarihi kenti, 1001 kilise ve 40 kapılı şehir olarak adlandırılmaktadır.